In een Domrekening uit 1395 wordt de kerk van Acquoy reeds genoemd. De bouw is dan ook eerder geweest en waarschijnlijk in opdracht van de heren Van Voorne. Patrones van de kerk was Sint Catharina, die zeer geliefd was bij de adel. De kerk werd dan ook al snel de ‘Cathrijne Kerk’ genoemd. De kerk was uitgebouwd tot een twee-beukig gebouw met twee koren. De ingang was vanuit het westen via de toren naar het oosten (het hoofdkoor). Toen het dorp en de kerk in 1672 door een orkaan (dezelfde die een gedeelte van de Domkerk in Utrecht vernietigde) werd getroffen restte er weinig geld voor een snel herstel. Kerk en toren waren door instorting van een deel van het middenschip sindsdien gescheiden. Men kerkte lange tijd in de noordelijke beuk tot het niet meer verantwoord was. Toen ging men elders ‘te kerke’.

De toren verzakte aan een zijde meer en meer en dreigde om te vallen. In 1844 zag de gemeente zich genoodzaakt de spits en de derde geleding van de toren af te breken. De klokkenstoel zat oorspronkelijk in de derde gelding en moest een gelding lager aangebracht worden, inclusief nieuwe galmgaten. In dezelfde periode is men ook gaan werken aan de kerkruïne. Kerk en toren werden definitief gescheiden. Het ‘koor’ werd naar het westen verplaatst en de oostelijke koorronding werd afgevlakt, voorzien van een deur, zodat de ingang tot de kerk oostelijk op de dijk was. De noordbeuk werd verbouwd tot de kosterswoning met een baarhuisje. In de 20ste eeuw is het baarhuisje verwijderd en de kosterswoning verworden tot de consistorie met boven een ‘allerhande’ kamer.

Door de scheve stand van de toren (slechts een enkele graad minder dan die in het Italiaanse Pisa) en het graf van de predikantsvrouw Pisa (overleden midden 20ste eeuw) heeft de kerk de toeristische bijnaam gekregen van ‘de toren van Pisa te Acquoy’.

De oorspronkelijke klok was in 1700 geschonken door koning-stadhouder Willen III. Deze is op 15 januari 1944 verwijderd en naar Duitsland afgevoerd. In 1948 is een nieuwe klok aangebracht. Gegoten te Heiligerlee en voorzien van de tekst ‘AMEN.VENI.DOMINE IESU./ANNO DOMINI 1948’.

De twee kristallen kroonluchters zijn in 1844 door de glasblazerij Leerdam gemaakt en geschonken aan de kerk. Een aantal dorpelingen waren (en zijn nog) aldaar werkzaam. In 1900 is één kroonluchter gevallen. In 1902 is een nieuwe geschonken; vandaar de kleine verschillen (vindt ze).

In de kerk heeft tot 1996 nog nooit een pijporgel gestaan. Na de restauratie, die in 1993 werd afgerond, werd besloten een mechanisch sleepladen-orgel te laten maken door Pels & van Leeuwen. Een fraaie kas, afkomstig uit de Nederlands Gereformeerde Kerk in Ten Post (Groningen), gemaakt door Marten Eertman, kon worden gebruikt. Voor wat betreft opbouw en klank werd aansluiting gezocht bij bestaande orgels in de Betuwe uit de negentiende eeuw, zoals gebouwd door o.a. Van Puffelen. De aanleg van de mechaniek is door het werk van Kam & Van der Meulen geïnspireerd. Toch heeft men geen kopie gebouwd, maar een nieuw orgel, zoals dat in de vorige eeuw gebouwd had kunnen worden. Op vrijdag 10 mei 1996 werd het in gebruik genomen. De registertrekker van de Bourdon 16′ kent twee standen. Bij half opengetrokken stand spreekt alleen het Groot octaaf.